该系统配有专用的智能控制系统，控制系统的工作原理是：
（1）当循环系统中的水温低于设定温度时，水泵启动，将热源或水箱中的热水送到循环系统中，当系统中的水温达到设定温度时，水泵停止工作。
（2）由于采用双泵一备一用，为了让双泵使用寿命均衡，泵A、泵B交替启动工作，实现2个泵的使用寿命均等。
（3）当泵A出现故障时，自动切换到泵B，并且故障的泵A发出故障报警信号，通过控制器上的报警指示灯显示。
（4）控制器具有自动挡和手动档控制选择，当在手动挡时，能强制启动任意一台水泵。
（5）水泵及智能控制器的输入电压为AC380V。